Сюжет игры строится вокруг Планктона, который в очередной раз пытается украсть секретный рецепт Крабсбургера. Однако коварный план выходит из-под контроля, и ресторан Планктона захватывают роботы, попутно устраивая хаос во всём Бикини Боттом.
Губка Боб решает спасти город и вернуть Планктона в его ресторан.