История Marvel’s Avengers начинается в так называемый А-День, когда Капитан Америка, Железный человек, Халк, Тёмная вдова и Тор торжественно открывали высокотехнологичную штаб-квартиру Мстителей в Сан-Франциско, в том числе демонстрировали их собственный воздушный авианосец, питаемый экспериментальным источником энергии. Однако торжество запомнится лишь огромным количеством жертв, когда авария на авианосце стала причиной массовых разрушений. Обвинённые в произошедшей трагедии Мстители распускают команду.
Спустя пять лет, когда все супергерои был объявлены вне закона, а миру грозит опасность, единственной надеждой человечества станет воссоединение самых могущественных героев Земли.