Пролог к основной игре, события которого развиваются вскоре после Metal Gear Solid: Peace Walker на тайной американской военной базе, расположенной на Кубе. Задача игрока: спасти и вывести двух ценных военнопленных, добыть информацию и покинуть зону противника. В вашем распоряжении арсенал оружия и гаджетов, позволяющий выполнить задание десятком разных способов.