Земля полностью захвачена пришельцами, которые переселили людей в крупные мегаполисы и установили тотальный контроль над каждым из них. Давно забытая организация X-COM возрождается, выбрав в качестве своей первой базы сбитый корабль инопланетян. Ей предстоит узнать всю правду о «новом порядке», насаждаемом вторгшимися ордами, и свергнуть его.